明军几乎完全丧失了战斗力，全军已无可用药品。军医官说出征前所带药品均有李时珍验过，裕王大怒，下令拘捕李时珍，而军中早已不见李时珍的身影，裕王高拱断定李时珍是景王和严世蕃派来的内奸。山中采药的李时珍通过当地百姓寻得医治痢疾的偏方，治好了监视他的阿木，在回城的途中，李时珍和阿木惊奇地发现，丰连城早已被鞑靼人围得水泄不通。二人冒死穿过敌人的封锁线，回到明军大营，将治痢疾的偏方告诉了将士们。可当他们走进主帅大帐时，高拱立即下令逮捕李时珍。阿木坚持李时珍是忠臣以死相保，并要高拱放了李时珍，自己出城去搬援兵。高拱将信将疑同意阿木出城，但李时珍不能放。
明军将士用过李时珍寻来的偏方后，疫情得到控制。鞑靼人猛烈攻城，裕王与将士同仇敌忾，浴血奋战。阿木搬来援兵，明军大败鞑靼人。裕王和高拱终于认识到李时珍才是堂堂正正的君子。
李时珍第34集剧情介绍因为有李时珍的药膳方子和斯语的手艺，黄一丰的药膳馆——十珍斋的生意一直很好，这让小财主丁冬强十分眼红，于是他在十珍斋的对面也开了一家药膳馆百珍斋。很快，百珍斋和十珍斋双方争抢生意打起价格战。黄一丰眼看生意不好，开始逛赌场和妓院。他老婆玉兰知道后，便和他大闹了一场。在李时珍和斯语的劝说下，两人总算和好如初。丁冬强找来当地黑老大大锅堂帮忙，欲将十珍斋赶出京城。大锅堂带人砸了十珍斋的场子，黄一丰带景王徐管家和侍卫将大锅堂一伙制伏。
嘉靖来到炼丹房，李行义和苌葶分别向皇上建言重修《本草》，嘉靖决定拔壹万两银子给李时珍启动编修《本草》工程。李时珍大喜，以为自己毕生愿望就要实现了。
李时珍第35集剧情介绍李行义为了控制景王，给他服食成瘾的火麻仁丹药。一旦停服此药，景王便会发病，丑态百出。一次，正好让嘉靖见到，嘉靖对景王失去信心，于是赐湖广德安府为景王封地，让其病好后离京。李时珍奉皇命为景王治病，景王情绪失控，赶走了李时珍。景王一时冲动之下收买杀手谋害裕王，结果没能伤及裕王，却将同行的高拱剌成重伤。这引起了嘉靖的强烈不满。
李行义希望嘉靖的儿子们以及嘉靖父子之间自相残杀，现在他想毒死裕王然后嫁祸于景王，于是他去与严世蕃密商，利用裕王例行检查的机会，以治病为名从中下药，达到让裕王慢性中毒致死的目的。严世蕃不知李行义的诡计，他只是想毒死了裕王便保住了景王从而也就保住了自己，于是交待杨洪勤办理此事。
李时珍第36集剧情介绍杨洪勤依计来给裕王查病，他把脉后告诉裕王已患风寒，开了“药方”。严世蕃担心李时珍发现杨洪勤“药方”里的秘密，决定对李时珍开刀。李行义得知后，找到李时珍劝他离开京城两年。李时珍心系重修《本草》大业，没有答应。
李时珍加紧查找资料，做好编修《本草》的准备工作。他常常废寝忘食，斯语默默照顾着他。
百珍斋老板丁冬强找到玉兰，告诉她黄一丰在妓院，玉兰找到黄大吵大闹。李时珍的两个儿子从书院回家途中被人邦票，索要二万两银子，黄、李两家拿出全部家当依然不够，这不禁让他们焦急万分。金基泰也赶来想办法救师傅的儿子。
