汉朝年间，吕后掌权，当年的刘氏后裔有的归依，有的叛乱，锦衣卫首领刘宣奉命对自己的亲叔父平王府满门抄斩。虽心有不忍，但君命难违。
淳于医苑在京城颇有名气，主事的是德高望重的淳于意，淳于意虽然医术高明，但他的两个女儿却不得其真传，尤其是小女儿缇萦，虽聪明绝顶，但医术却不敢恭维，给病人拔牙，竟能把整个牙床都给拔下，倒也一了百了，医海无涯在她手里就能变成“无牙可患”了。
神医侠侣第2集剧情介绍吕后在宫廷急切的等待刘宣盗来的宝物，在这个迟暮的女人眼中，纵有无限江山，也换不回人的真心和逝去的光阴，所以，一看到乳臭未干的小皇帝，她就气不打一处来，总觉得有一天，自己苦心经营的一切都会属于这个毛孩子。好在绣衣大执法前来禀报刘宣盗宝成功的消息，吕后稍感慰藉。
慌忙拿着宝物前去向邢善请教，邢善乃秦朝人士，在人间已活了200多岁，虽白须垂地，老态龙钟，但据说服用了长生不老药，可长生不死，无奈落入吕后囚笼，慨叹生不如死。
刘湘不知自己攻打黑齿国只是为刘宣盗宝掩护的内情，看到自己的军队只剩残兵败将，想一死了之，幸好弟弟刘宣劝阻，两人归得宫来。他们都喜欢太后的侄女琴子姑娘，兄弟俩明争暗斗，出宫养病的琴子看上去左右为难，其实，心里早有答案。
神医侠侣第3集剧情介绍琴子姑娘在刘宣妹妹刘珊的陪同下准备回宫，琴子思念心切，放出信鸽意欲刘宣来城外接他，刘宣知道哥哥刘湘也喜欢琴子，所以，让哥哥刘湘前往城门，自己则在暗中相迎，这让琴子很是失望，一时失神，竟差点滑落灞堤，幸好刘宣眼疾手快，从暗中使出轻功，将她救起。
琴子受了惊吓，旧病复发，一时不省人事。宫中御医全都手足无措，刘宣决定请出民间神医淳于意前来就诊，缇萦跟着父亲，第一次见到了让刘宣黯然伤神的女人——琴子。
神医侠侣剧照
其实，刘宣的牵挂另有隐情，年幼时，琴子和他们兄弟俩在一次玩耍中，因为受刘宣的惊吓，琴子不慎落入寒潭，从此落下重病，一旦受到惊吓，就昏迷不醒，刘宣对此怀着深深的歉疚。太后一心只想着自己的长生不老药，她抓来宫女做人体实验，结果果然神奇，宫女服药后皱纹消失殆尽，变得青春美貌，吕后心中狂喜，只等择得良辰吉日，就亲自以身试药。
没想到，半路杀出漫天的“蝙蝠阵”，一个叫莫娘的蒙面女子在月夜私闯皇宫，将药偷走，刘宣虽使出浑身绝技，却只能眼看着莫娘从天而降，又随一群蝙蝠消失在夜色之中，莫娘虽偷走太后的宝贝，却对刘宣一见钟情，将一颗芳心留在宫中。
神医侠侣第4集剧情介绍太后大怒，惊呼：我的青春不老被偷走了!她将看守全部处以极刑，并要求刘宣一定要将药重新夺回来。看到琴子和刘宣卿卿我我的样子，刘湘好不愤怒，与刘宣大打出手，表面上刘湘指责刘宣忘记了祖先的恩愁，成为了吕后的走狗，实际上刘湘是为了发泄刘宣夺爱之恨。
缇萦奉父亲之命，负责给琴子熬药治病，刘宣看到她聪明伶俐，请她陪伴琴子，好给琴子带来一些快乐的好心情。缇萦对刘宣和琴子的关系很是好奇，这好奇中还免不了夹杂着一些莫名的醋意。
莫娘回到自己隐居的山林，她的家中还有一个老太太朝君，此人和邢善原是一对师兄妹，只是白头没有偕老罢了。莫娘谎称盗药失手，想问出此药的正确用法，朝君警惕地闭口不谈。
神医侠侣第5集剧情介绍吕福带着锦衣闯入刘府，要刘宣交出重犯缇萦，刘宣哪肯从命，两人好一场恶战，刘湘闻讯上前救助，不想他和吕福各中了对方的剑，吕福怀恨在心，杀掉了若干手下，并向吕后告状说是刘氏三兄妹所为。
吕后带着小皇帝亲自到刘府查明真相，琴子上前解释说刘宣带走缇萦是为了给自己治病，刘宣趁势为缇萦一家求情，称自己可以在三天之内找到长生不老药的下落，以证明缇萦一家的清白，再加上心直口快的缇萦为自己家人求情的真诚，最关键的，太后发现缇萦的父亲竟是当年太医院的首席御医，觉得可以利用他和邢善成全自己的不老之愿望，她终于答应会考虑他们的请求。
小皇帝对缇萦倒是一见钟情，只是这“情”不是男女之爱情，而是两人共有的一颗童心让两人很快有了“童情童趣”，玩到了一起，结成死党，小皇帝答应以后可以“罩”着缇萦。
神医侠侣第6集剧情介绍小皇帝虽然颇有正义感，但不过是太后的一个傀儡，缇萦为父亲的请命遭到太后厉声的拒绝，缇萦好不失望。
根据莫娘上次来宫廷盗宝留下的线索——蝙蝠是产自阴山南麓，刘宣决定到阴山去将宝物夺回。此行的成功与否涉及父亲的性命，缇萦于是暗中跟随刘宣，要一同前往阴山，刘宣虽然很想把这个“麻烦”打发掉，但无奈缇萦的“死缠烂打”也只好带上了这个可爱的“跟屁虫”。
两人一路嬉笑打闹，生把一次冒险行动搞成了一个郊游。没想到暗中跟随他们的还有黑唇国的祭司玄雀，为了夺回原属于他们的国宝，她监视刘宣的行踪已经很久了。莫娘早有防备，将刘宣打昏。朝君揭穿了莫娘的谎言，拿出了长生不老药，莫娘恼羞成怒，将朝君推下悬崖，并无意中从朝君遗落的手镯中发现了服用不老药的秘密。
莫娘选择了一处温泉，将不老药滴入泉中，待她出浴时，已变成了一个如花似玉的美女，这一切，恰好被刘宣和缇萦看见，莫娘急于掩饰自己的裸态，将剩下的药瓶忘在泉边，刘宣拿到至宝，倒也得来全不费工夫。谁知玄雀半路杀出，意欲夺宝，刘宣眼疾手快，将她推入悬崖。
神医侠侣第7集剧情介绍吕后想挑拨刘宣和刘湘之间的关系，明知琴子喜欢刘宣，却许诺刘湘，原将亲自许配给他，意欲互相牵制刘氏的家族势力，为自己效忠。
吕后的小算盘几乎无处不在，淳于意被太后一直关押在牢中，原来是她想趁机会让淳于意和牢中的邢善认识，两个行医之人如果能互相切磋，必能为她的长生不老计划提供便利。果然，几杯美酒下肚，邢善向淳于意讲起200多年的一段传奇般的往事，讲到师傅扁鹊如何研制出长生不老药，自己和师妹朝君又如何吃下了长生药活到了200年后的今天，只是不老药至今还下落不明。
吕后在暗中窃听了这一切，方知，原来长生不老药是两个药方，一个可以长命百岁，一个可以永葆青春，而刘宣盗得的正是失传已久的“不老药”。刘宣带着夺回的宝贝回到宫中，吕后为他设宴庆功，谁知，正在刘宣准备进献宝物的时候，发现宝物不翼而飞。原来是缇萦暗中将药瓶偷走了，这可闯下了滔天大祸，吕后将刘宣和缇萦的家人押上刑场，准备处以死刑。
幸亏缇萦带着药瓶及时赶到大呼刀下留人，才避免了一场惨剧。琴子以为刘宣被判处死刑，割脉自杀，刘宣为此深深感动。在父亲淳于意的逼问下，缇萦终于说出了青春不老药的秘密，一直将信将疑的淳于意不得不相信这世间真有长生不老的神话了。
神医侠侣第8集剧情介绍吕后召见刘宣，想将琴子许配给他，刘宣很是不安。太后索性请来刘氏的皇叔刘原，来一起定夺琴子的婚姻大事，刘原为家国大计考虑，也同意撮合刘宣和琴子的姻缘。刘宣只好答应，而刘湘则火冒三丈，兄弟之间，仇怨已结。
吕后紧急召缇萦进宫，想得知不老药的用法，缇萦哪里知道这药的真正玄机，但聪明绝顶的她信口雌黄，一心想拖延时间，把太后骗得一愣一愣的，吕后半信半疑，拿她没有办法。
神医侠侣第9集剧情介绍吕后下令掘地三尺也要捉拿女贼莫娘，整个宫廷陷于一片混乱。缇萦慌乱中迷了路，被莫娘挟持，当了人质，吕福则不顾缇萦死活，一心把这两个人全杀光了事，刘宣顾及缇萦的性命，处处手下留情，两方交战，却是个三角矛盾。
莫娘落荒而逃，混乱中，缇萦和刘宣跌进宫廷的机关中，找不到出路，密室狭小竟只能容下两人贴身而立，这是迄今为止两人最长时间的“亲密接触”，一种两人都不曾察觉的“化学反应”悄然发生了。
莫娘逃到淳于医苑寻药疗伤，不想遇见了曾经的救命恩人淳于意，看着年轻貌美的莫娘，淳于意不敢相信自己的眼睛。
神医侠侣第10集剧情介绍刘湘怒气冲冲地来找刘宣算帐，质问他为何要夺走自己所爱的女人，兄弟情谊从此一刀两断。吕后遵照缇萦所述，开始在温泉中滴入不老药，然而，出浴的吕后依旧老态垂垂，竟没有丝毫变化，吕后如坠深渊，立刻要刘宣把缇萦抓来当场审问。
缇萦听到吕后用药失败，知道自己进宫就是踏上了黄泉路，死到临头，竟大义凛然一路高歌，歌声感染了刘宣，也激起了了琴子的嫉妒。吕后下令将缇萦押赴刑场，刘宣不顾族长刘原的阻拦，也不顾吕福的怀疑，半路冒死劫囚，缇萦十分感动。
缇萦仓忙逃遁，没想到竟逃到吕后的寝宫，又一次自投罗网，但吉人自有天象，缇萦急中生智，建议吕后改用阴山的泉水，再试一次，缇萦暂免一死，被软禁在琴子处。莫娘看到刘宣要和琴子成婚的消息，大为光火，闯入宫中，要杀琴子，缇萦为琴子拼死相救，两人误会消除，结下生死之交。 太后改用了阴山泉水之后，果然出现了神奇的景象。
神医侠侣第11集剧情介绍琴子兴冲冲的想和刘宣商量婚事，而刘宣却不解风情，一语不和，琴子旧病复发，昏厥过去，安顿好琴子，刘宣送缇萦回家，两人暗生情愫。 太后吃了不老药后，一下子年轻了20多岁，她在宫廷的晚会上突然亮相，惊艳全场。
失宠的食其和失恋的刘湘在酒馆喝起了闷酒，当刘湘得知自己黑唇国一战损失近千名将士，只是为了掩护刘宣为太后偷得不老药的秘密后，火冒三丈，国恨情仇霎那间涌上心头，一心要杀了刘宣。
神医侠侣第12集剧情介绍刘湘原想绑架缇萦做人质引刘宣决战黑山林，谁知绑徒错绑了缇乐，月黑风高，刘宣只身前往黑山林，暗中相随的缇萦被刘宣点中穴道，等她醒来，除了缇乐，整个黑山林已经空无一人，原来刘宣虽遭刘湘暗算，却被及时赶来的莫娘救起，不知去向。
当晚，锦衣营也遭到刘湘部下的偷袭，营地失火，伤亡惨重。怀疑的矛头全都指向刘湘。太后的不老药很快失效，太后忽然间恢复老态，美貌瞬间化为乌有，太后一时难以接受，昏了过去。
神医侠侣第13集剧情介绍情急之下，太后召集宫廷御医紧急会诊，全都手足无措，只好请出邢善和淳于意，邢善道破太后衰老的天机：原来，太后必须先服长生药，再服不老药，才能象莫娘一样永葆青春，象太后这样只服不老药，不仅药效短暂，而且会变得更加苍老。
太后立即召集吕福找到莫娘获得长生药。经不住缇萦的追问，刘珊只好说出了刘湘密谋的来龙去脉，知道刘宣“被神秘黑衣人救走”。缇萦决定驾着马车带着琴子和刘珊把刘宣找回来。
神医侠侣第14集剧情介绍莫娘向刘宣承认自己就是去宫中盗取长生不老药的“女妖”，同时也向刘宣大胆的表白了爱意，刘宣执意要回家，莫娘不惜打断了他的腿，刘宣身处悬崖峭壁，已经插翅难飞。每天为刘宣牵肠挂肚，缇萦终于意识到自己可能是爱上了他。
太后情急之中，将最后一点不老药洒落在地，恢复美貌的梦想几乎破灭，太后几近绝望，淳于意趁机请求太后放出刑善，一起研究长生不老药，太后假装同意。琴子思念情郎心切，甘愿以退婚为条件，请求刘湘率兵找到刘宣，刘湘顿时有了希望。
神医侠侣第15集剧情介绍刘宣誓死要离开莫娘，纵身跳下悬崖，莫娘和刘宣齐齐坠入崖下的温泉，莫娘苦苦哀求，但刘宣去意已定。缇萦对刘宣的过分牵挂，引得琴子和刘珊心生疑虑，颇为不快。为了说服父亲放弃对长生不老药的研究，缇萦到狱中与邢善会面，答应帮他找到莫娘。
刘宣历经一路艰辛，终于在淳于医苑的门前昏迷过去，缇萦又惊又喜又急，一路尾随的莫娘顿生妒意，夜闯刘府，将刘宣的房间毁得一片狼藉。
缇萦的悉心照料，刘宣苏醒过来，他告诉缇萦自己想和琴子退婚，缇萦连说不妥，当刘宣终于鼓起勇气，向缇萦表白爱意，将缇萦拥入怀中的一刻，恰好被前来的琴子刘湘刘珊看到，四个人各怀心事，场面好不尴尬，由不得缇萦解释，琴子愤然离去。
神医侠侣第16集剧情介绍琴子伤心欲绝，想跳崖求死，被追赶过来的刘湘拦住，刘湘一往情深，无奈琴子另有所爱。琴子始终不愿意相信眼中所见，只想给刘宣一个解释的机会。刘宣向琴子说明自己所爱非她，琴子苦苦哀求，只求刘宣能够回心转意，刘湘质问琴子曾经提出的“退婚”条件，琴子又羞又恼，哑口无言，昏倒过去。
缇萦不小心告诉刘宣，琴子其实并无大碍，只是有心病时，刘宣对琴子最后的愧疚也消失殆尽，对缇萦的追求更加强烈了。缇萦左右为难，一边是刘宣炽热的表白，一边是琴子的恼怒和虚弱，她不知如何取舍，陷入迷乱。太后为治病心切，答应把早先没收的淳于意的研究资料归还给他。刘湘决意要向太后请求撤消婚约，将琴子许配给自己，为拉拢刘宣，太后果然动了心。
神医侠侣第17集剧情介绍刘原对刘湘的卤莽很是失望，决定采取非常手段，完成家国大计。他决计用两千两黄金请出项羽后代所属的江湖杀手——影子军团谋杀太后。刘宣趁缇萦给自己包扎伤口的时候，决定带缇萦抛却红尘远走高飞过归隐山林的生活，淳于意坚决不让女儿和刘宣这个是非之人搅到一起。
太后表面上是征求琴子的意见：是嫁给刘宣还是嫁给刘湘，其实心意已经十分明显，国家在上，琴子实难找到两全的选择。太后召见刘宣，要求刘宣设法接近莫娘，获得长生不老药，刘宣面有难色，十分犹豫。影子军团首领项云询问他秘密的“圣尊”。
刘原所求这一单该不该接，“圣尊” 极力赞同项云接受此单。“圣尊”不是别人，此人正是让邢善魂萦梦绕的200多岁的朝君，她拜托玄雀到那时替她救出邢善。项云决定接单。
神医侠侣第18集剧情介绍受太后的指示，淳于意在暗中建立了一个骊山研究基地，为太后研制长生不老药，此前太后曾答应，只要淳于意到骊山，就放了邢善，作为回报，邢善告诉了淳于意长生不老药药方的埋藏地点。
淳于意与家人不辞而别，踏上骊山之途。途中果然挖出了邢善所说的秘方。缇萦四处打听父亲的下落，急得在刘宣怀中痛哭起来，不巧又被琴子看见，琴子大怒，发誓绝不饶恕缇萦。
莫娘欲挑拨琴子和缇萦的关系，假托刘宣的笔迹，约请缇萦在湖边见面，结果将琴子和缇萦都活捉，缇萦急中生智，破了莫娘的蝙蝠阵，两人大难不死。琴子欲出宫上香，刘湘使出一招苦肉计，好以“救命之恩”获得琴子的芳心，没想到被琴子发现，弄巧成拙。
神医侠侣第19集剧情介绍为了挽救琴子性命，刘宣极力想跟琴子解释，结果事与愿违，刘宣对缇萦的在乎更加激发了琴子的醋意，一心要夺回刘宣。刘珊替琴子解恨，要杀了缇萦，紧要关头，被进城的项云解救回医苑。
刘原要求项云决定当夜子时直取太后人头，他故意泄露机密，如他所愿，刘家一骑墙分子刘甲向吕后报告了刺杀一事。当晚，项云刺杀吕后，玄雀救回邢善均告失败，混乱之中，项云暂时躲进琴子闺房。
一切仿佛在刘原的预料之中，他事先通知刘宣带兵子时三刻前来刘府，待吕福前来抓取反贼刘原时，刘原已将自己送入刘宣的镣铐，他欲以自己的牺牲，换得吕后对刘宣的信任，将刘氏宗族的复兴大业交给了刘宣。
神医侠侣第20集剧情介绍项云受了重伤，暂时躲过了官兵的追杀，被恰好经过的缇萦和唐安碰上，善良的缇萦把项云带到一所破庙疗伤，却也给自己和唐安招来牢狱之灾。吕后在朝廷公审刘原，刘原临危不惧，以高祖刘邦之名，怒斥吕后，欲舍身求仁。
吕福一路追杀项云，被玄雀搭救，玄雀说出了奉“圣尊”之名搭救邢善的秘密，项云也想救出邢善以协助圣尊用长生不老药将项羽起死回生，夺回失去的江山。刘宣获得吕后的信任，被刘湘骂做“吕后走狗”。
刘湘以一杯绝酒断绝了兄弟手足之情。刘宣蒙面潜入大牢，探望父亲刘原和心上人缇萦，刘原将自己的复兴大业全盘脱出，将刘氏家族的命脉交给刘宣，看到父亲如此一番苦心舍身取意，刘宣悲敬交加。
神医侠侣第21集剧情介绍在狱中，刘原将自己给刘宣最后的嘱托全部交代给了缇萦，他嘱咐缇萦一定要告诉刘宣：刘宣和琴子成婚之日，正是刘宣刺杀吕后之时。缇萦痛苦地答应了。提审刘原的日子到了，刘原一如既往，大义凛然，慷慨就义，自刎在刘宣面前，他对刘湘最后说了一句：帮助你弟弟。
刘湘不解其意，咒骂刘宣是衣冠禽兽，刘宣只能强忍悲痛。琴子到狱中探望缇萦，答应如果缇萦愿意远走高飞蒸发人间，就可以让她出狱，想起自己身负刘原重托，缇萦勉为其难地答应了。太后将刘湘的兵权交给刘宣，兄弟之情更是雪上加霜。在小皇帝的帮助下，刘宣与缇萦得以见面，缇萦将刘原的遗言转告给刘宣，一边国家的兴亡，一边是生命爱人，鱼与熊掌不可兼得，两人陷入痛苦的抉择之中。
神医侠侣第22集剧情介绍项云云雀到狱中解救邢善，而邢善却不在牢中，项云偶然认出了同在狱中的缇萦，一心想救出自己的救命恩人，缇萦想起刘原的嘱托，执意不肯。吕福欲因劫狱之由处死缇萦，小皇帝忽然赶到，下令放出缇萦。
吕后下旨，要求刘宣和琴子十天以后成婚。缇萦力劝刘宣为了刘氏的江山社稷放弃儿女私情，在他们熟悉的湖边两个有情人肝肠寸断，缠绵惜别。邢善在沉睡中被送到了淳于意在骊山的研究基地，这倒给给苦心研究长生不老药却依然不求其解的淳于意带去了一线希望。
神医侠侣第23集剧情介绍邢善醒来，发现自己到了骊山，一怒之下，指示他的蝴蝶将骊山的研究成果任意毁踏，淳于意怎么解释都无济于事。缇乐也将妹妹的东西全部抛掷街外，将缇萦和唐安扫地出门。刘湘极不情愿的将自己的军权交给刘宣，两兄弟又免不了言辞相击，这正合了吕后的意，鹬蚌相争，吕后得利。
缇萦被迫背井离乡，琴子心怀不忍，送她最后一程，刘宣眼看着自己的爱人离去，却无力回天，只有借酒消愁，醉得不省人事。为了博得太后的信任，刘宣只有徉装成一个杀人魔王，烧杀抢劫恶名远扬，只有缇萦知道他忍辱负重，却只能将心疼默放心中。一日，被缇萦送人的小白猫居然充当了一个信史，传奇般的将刘宣的一封情书送到了遥远的缇萦身边，缇萦顿时流下幸福而辛酸的眼泪。
神医侠侣第24集剧情介绍掌握了军权的刘宣并没有掌控军心，过去刘湘的亲信刘达认为刘宣是吕后的走狗，处处和刘宣作对，刘宣处境艰难。眼看婚期将近，刘宣心事重重，不时出现幻觉，与缇萦抛却红尘远走高飞，但无奈事实残酷。刘达纠集手下行刺刘宣，不料却听见了刘宣在刘原墓前的一段肺腑之言，顿觉有眼无珠，错看好人，决心肝胆相照，助他一臂之力。
一日，刘达在查看地形时，偶遇刘湘，单纯的刘达将刘湘视做自己人，将刘宣苦心经营的复仇计划全部告诉了刘湘，刘湘想起父亲临终遗言，方知：帮助你弟弟这句话的真意，惊愕之余，刘湘开始为心上人琴子充当牺牲品而忿忿不平。
神医侠侣第25集剧情介绍缇萦在城外开了一个药店谋生，由于放心不下刘宣，她借买药送药之机，到刘宣的家中偷偷探望他，刘宣由于心力交粹，内火攻心，昏迷之中，缇萦深情的看着这个明天就要成为别人新郎的男人，将刘宣送自己的小刀放在爱人身旁。回去的途中，却遭遇劫匪，更可气的是，劫匪正是自己的手足姐姐缇乐，缇乐不仅差打手将缇萦打昏在地，还将缇萦的药材全部抢走。
苏醒过来的刘宣苦苦寻找缇萦的影踪，却不想遇见了对他爱恨交织的莫娘。莫娘要阻挠刘宣的婚礼，甚至放出话来，不惜取了琴子的性命。为救琴子，刘宣极力劝阻琴子延迟婚期，无奈琴子主意已定，死也要在第二天与刘宣成婚。婚期就在明天，成败在此一举，即使生死可以置之度外，但刘宣还有未了的期待，他悲壮地期待着。
神医侠侣第26集剧情介绍刘宣与琴子的婚礼轰动全城，迎亲的队伍浩浩荡荡穿越整个城市，缇萦躲藏在喧闹的人群中，含泪送爱人最后一程。面无表情的刘宣与惴惴不安的琴子走上红地毯，走向吕后。城外的刘达也早就率兵跃跃欲试，只等一声令下，就攻入城内。刘宣和琴子离吕后就近在咫尺，突然刘宣拔出暗藏的匕首，刺向吕后。
宫廷顿时大乱，血流成河，刘达的救兵迟迟没有出现，刘宣孤军奋战，以一挡万，身受重伤，却依然英勇异常，但毕竟寡不敌众，他拼尽最后一口气，杀敌无数，直到身上的箭翎夺去他最后一口气。他终于离开这纷争不止的尘世，却无法带上今生的唯一爱人缇萦。
刘宣至死都不会想到，杀害自己的真正凶手，竟是自己的胞兄刘湘，正是刘湘，在婚礼前一天就将刘宣的计划报告了吕后。莫娘不愿刘宣的尸体落入他人手中，将尸体装入木筏，顺水漂流，而她自己这一回，也落入吕福布下的天罗地网。
神医侠侣第27集剧情介绍刘湘满以为除掉刘宣，琴子就死了心，没想到，琴子对他的心狠手辣十分痛恨，更加不给他任何机会。满城都是捉拿刘宣的通缉令，缇萦不知刘宣死活，只想找到他。最不可思议的是，刘宣竟然真的没有死，冥冥之中，顽强的求生欲望，仅存一息的他居然逃过死神的追讨，被项氏族人救了起来。
莫娘被关入大牢，任吕后怎么盘问，都问不出关于长生药的半点消息，吕后气急败坏，要将其斩首，吕福誓死求情，不仅遭到吕后一顿毒打，其锦衣的兵权也被太后赐刘湘，刘湘深得吕后信任，连姓名也改成“吕刘侯”，刘珊识破哥哥的虚伪面目，与刘湘兵刃相见，刘湘手不留情，将亲妹妹也刺伤，幸好遇见缇萦，帮她疗伤。吕福已无退路，只身杀入大牢，要掩护自己的爱人莫娘越狱，莫娘带上重伤的吕福潜逃出狱。
神医侠侣第28集剧情介绍刘宣虽然大难不死，但已经丧失了意志，时而昏迷，时而癫狂，项锋的灯笼店里的灯笼在他眼中时而是吕福的追兵，时而是刘湘狰狞的面孔。项锋找来淳于医苑的骆凡为刘宣治病，骆凡发现病人竟是朝廷重犯刘宣，大惊失色，项锋也由此知道刘宣和缇萦的一段隐情。
琴子看到刘珊居然被刘湘打伤，忿忿不平要找刘湘论理，刘湘借着酒劲欲对琴子非礼，琴子奋力挣脱。莫娘为吕福疗伤，才发现这个曾经总是与自己作对的男人竟然深爱着自己，情不自禁，春心萌动。
所有的信息都表明，刘宣可能已经死了，缇萦悲痛欲绝，而当她在项锋灯笼铺的密室，看到自己日夜牵挂的刘宣居然一息尚存时，不顾一切的要将刘宣的意志唤醒。惟利是图的缇乐得知缇萦与骆凡都与刘宣有过接触，一心想去告发刘宣，以获得朝廷的百两赏金。
神医侠侣第29集剧情介绍虽然刘宣始终处生活在幻象当中，但缇萦毫不气馁，耐心的为他治疗;缇乐执意要去告发刘宣，九牛二虎加上骆凡都拉不回来。争执间恰好遇见正在布铺扯布的缇萦，两人一见面又免不了争个面红耳赤，缇乐忽然发现妹妹居然给自己也买了布料，瞬间的感动化解了积怨，虽然有太多不同，但终比不过骨肉情深，两人终于言归于好。
为打探刘宣的下落，刘湘带着打手来到淳于医苑，无论对缇乐怎样施以威逼利诱，缇乐都软硬不吃，守口如瓶，缇乐忽然之间就懂得了大是大非，这倒让骆凡颇感惊讶。项家少主项云和玄雀进城来看望刘宣，却发现，刘宣忽然失踪了。
神医侠侣第30集剧情介绍刘宣凭着幻觉的指引，来到宗长刘原的墓前，疯狂地向父亲忏悔，恍然之中，他仿佛看见惨死在刘湘刀下的刘氏子弟刘达的冤魂，跟着冤魂的引领，刘宣来到自己原来的家，现在，那里已经改名叫吕刘侯府。在刘家列祖列宗的牌位前，刘宣和刘湘决一死战，幸好项云和玄雀及时赶到，救走重伤的刘宣，刘宣才又免死于刘湘的毒手。
项云承缇萦的救命之恩，对这个可爱、率真而又深明大义的女孩心生爱慕，无奈佳人心有所属，只能将爱放在心中。刘宣继续留在城中显然十分危险，为了将他送出城，项云想出了“假死”之计，欲用假死药将刘宣诈死出殡，不料此计被隔墙之耳听见，小人告密给刘湘，刘珊欲阻止刘湘对刘宣再下毒手，却惨死在刘湘刀下，琴子看到这一切，悲痛至极，万般无奈，只能以身相许，哀求刘湘能良心发现，免刘宣一死。
神医侠侣第31集剧情介绍琴子的屈辱献身当然不可能让刘湘这样的小人改变其禽兽之心，六亲不认言而无信已经是刘湘不可更改的本性，琴子于绝望之中找到最后一线希望，只身找到小皇帝，求助于他。小皇帝天真无邪，一心想成人之美，但也苦于找不到破解之计，倒是刘湘派出的监视琴子的丫鬟珠儿一直就路见不平，对刘湘的行径早就不满，她请求小皇帝派出自己的一支心腹御林军，到城门救援刘宣的送葬队伍。
就在刘湘布下天罗地网，准备为项云的送葬队伍集体送葬的紧要关头，御林军如从天降，以血肉之躯为棺木开道，城中百姓也纷纷起来自发的反抗十恶不赦的刘湘，项云项锋跨马突出重围，杀出一条血路，带着刘宣的棺木一路飞出城外，诈死出殡在死路上突显生机，终于起死回生，只是小皇帝，天真善良的小皇帝，欺君之罪尚且处死，这一回，他犯下欺国之罪，该如何面对吕后的紧急召见。
神医侠侣第32集剧情介绍小皇帝居然在吕后眼皮底下让朝廷重犯逃脱，坏了吕后的大事，吕后绝不饶恕，对小皇帝拳脚相加，重打之下，可怜的小皇帝竟然一命呜呼，吕后大惊失色，决定以“皇帝称病”欺骗天下，自己亲理朝政。
吕后求长生不老之心更加迫切，决定亲自到骊山去看看邢善和淳于意研究的成果。项云虽然诈死之计成功，带着刘宣的棺木逃到项氏地盘，躲过官兵的追击，但缇萦配制的假死药的配方对刘宣没有任何用处，刘宣，真的成了一具尸体，假死成了真死。
缇萦都不想活了，只想随他一起归天。当朝君得知缇萦就是淳于意的女儿，而且还见过自己日夜思念的师哥邢善之后，决定使出神功，救活刘宣。当“死去”的刘宣终于睁开眼睛的时候，缇萦喜极而泣，两个有情人忘情地拥抱在一起。
神医侠侣第33集剧情介绍诈死出殡一战，虽然保全了刘宣，但是项锋的儿子项昆却落入敌手，无论刘湘怎样严刑拷打，项昆誓死也不肯将项氏家族的秘密泄露半点。刘湘将项昆当街示众，欲以项昆为诱饵，引出项昆的幕后同谋，项锋看在眼里，悲在心头，为了整个项氏家族的复兴大业，在项昆“杀生成仁”的恳请之下，忍着剧痛，成全了儿子的凛然大义。
刘湘在项家的灯笼铺里发现了刘宣的血衣，再将此前项云行刺吕后的事情联系起来，认定刘宣与项羽的后人在一起，吕后听后又气又急，即刻起程去骊山打探长生不老药的下落，以求稳住自己的江山。
太后还没出城，就遇到了刺客行刺，此人原来是太后的弃臣吕福，落败的吕福哪里是吕后的对手，幸好被也想伺机行刺的莫娘救起，两人几次生死之交，倒也格外珍惜患难的真情。为了从缇萦口中得知邢善的下落，朝君狠心让缇萦服下毒药，不说出邢善的下落，据不给解药。
神医侠侣第34集剧情介绍淳于意在骊山的密室与世隔绝，长时间不休不眠的工作，已经走火入魔了，就连吕后亲临，全然不知，吕后得知长生不老药没有进展时，很是恼火，但也奈何不得。缇萦虽然服了毒药，但毒性是间歇发作的，恢复正常的时候，调皮的缇萦居然在项氏的部落里和全城的人玩起了“赌猪”的游戏。
兽医出身的她虽然出尽洋相，但最后真的是“猪到成功”不仅赢得了许多物件，最重要的是赢得了两匹好马，她终于可以和心上人跨马扬鞭到郊外踏青，暂时体验一下离开尘世的感觉了，乡下男耕女织夫唱夫随的生活让两人感触良久，近在咫尺的生活为什么总远在天边呢?正在感叹之中，缇萦身上的毒药又药性发作了，缇萦昏迷过去，项云看到缇萦和刘宣生离死别的场景，心中怅然，不知自己的红颜知己何时出现。
在珠儿的帮助下，趁吕后出宫的机会，琴子逃出宫外，踏上寻找爱人刘宣的漫漫长路。
神医侠侣第35集剧情介绍邢善虽然人在骊山，但根本不参与任何研究事宜，每天以昏睡消极抵抗，无论吕后怎样软硬兼施，都以冷嘲热讽嬉笑怒骂呵斥之。锦衣卫四处抓壮丁充当长生不老药的实验品。
早就流落他乡的唐安被抓了去，连续几个人体实验均告失败，实验者服药后都当场毙命，轮到唐安当牺牲品了，淳于意认出这是自己的徒弟，拼命停止了这残酷的活人实验，吕后以淳于意两个女儿的安危要挟他，重压之下，淳于意几近癫狂，发下死誓，才换得吕后的延缓之令，唐安也算捡回一条小命。
由于受到一系列强烈的刺激，刘宣的幻病愈加严重，每天生活在打打杀杀的幻觉中，简直到了草木皆仇敌的地步，刘湘的狰狞和刘达的幽怨，让他分不清现实与梦境的区别，缇萦看在眼里，急在心上，而项云此时对缇萦话里行间流露出了深深的爱慕。
神医侠侣第36集剧情介绍刘宣的幻病日益严重，一个人在空地上就能指挥千军万马，有一次还错将缇萦认成了刘湘，竟然还出手打到缇萦吐血，缇萦不断鼓励刘宣要战胜心魔，重新振作，项锋和玄雀担心收留刘宣会带来后患，劝说项云将刘宣做为人质送给吕后以交换出邢善，项云不肯做这样背信弃义的事。
吕后回到宫中，发现琴子失踪，顿时大发雷霆，刘湘更是火气冲天，一心要率兵直奔巴蜀，找到琴子，杀了刘宣，灭了项家势力。琴子和珠儿路上遇到官兵的盘查，幸得唐安相助，前者要找刘宣，后者要寻缇萦，三人结伴踏上去往巴蜀之路。缇萦一下子没看住，刘宣又失踪了，自顾自地走向深山。
神医侠侣第37集剧情介绍刘宣去往的方向不是别处，而是项氏家族的禁地——项羽的灵柩就被供奉在那里，一旦有什么闪失，亵渎的将是项氏家族的信仰的神灵。然而，最不愿发生的事情还是发生了，刘宣完全失去了理智，众人越是阻拦，刘宣越是反抗，他拿起一把斧头就将项羽的灵柩击得粉碎。
这下，激怒了全体项族人，他们一心等待长生不老药能让项羽起死回生，重振复国大业，就是把刘宣碎尸万段也难平复他们心头之恨呀。少主项云欲当众将刘宣处死，就在生死一线的紧要关头，一向善良的项云忽然开始同情刘宣的境遇：自己难道不是和刘宣一样，从一生下来，就被家族赋予了复兴的大任，一生不得逃脱吗。
项云心生怜悯，决定先将刘宣押入大牢，日后再做审判。莫娘和吕福日久生情，莫娘收到师父朝君通过蝙蝠给她发来的信号，决定找到师父，获得长生不老药，以求能和吕福长相厮守。琴子、唐安、珠儿一路寻找，歪打正着，无意中进入项族的领地。
神医侠侣第38集剧情介绍琴子、唐安、珠儿被当作外族的入侵者，被带到少主项云的面前，唐安认出眼前这位正是过去曾和缇萦救治过的那个朝廷重犯，琴子也记起这就曾为自己挡过一剑的人，紧张的气氛顿时缓解，项云带着他们去见缇萦，老朋友见面，场面很是感人，问东问西，问寒问暖，只是问到刘宣，缇萦无言以对。
琴子去大牢中看望刘宣，看到刘宣已经沦落成这副迷幻的状态，琴子泣不成声。项锋和玄雀力劝项云杀了刘宣，项云被迫说出真相：原来，项羽的陵墓中原本就没有项羽的尸体，过去的所谓传言只是先辈们编造的梦想。刘宣终于可以免于一死了，而琴子却准备拔剑自刎，原来，她原本就想来见刘宣最后一面，现在已经了却心愿。
说时迟那时快，项云又一次替琴子挡了一剑，而自己却受了剑伤，先后两次的生死之交和两人在爱情上的共同处境让两颗心靠近了，缘分终于没有忘记这两个痴情的男女。为求长生药，莫娘和吕福也来到项氏的部落，也给这里带来了不安宁。看来，一同光临这里的绝不只是爱情。
神医侠侣第39集剧情介绍玄雀绝不让莫娘靠近圣尊半步，与莫娘打得不可开交，听莫娘说不老药已经被吕后不慎打翻在地已经人间蒸发的时候，圣尊大为光火，因怨生恨，要杀了莫娘，而莫娘也根本无从朝君处获得长生药的半点下落，两人打得甚是激烈。
决斗中，两人互点了对方的穴道，谁能先用内功冲破穴道，谁就占得先机。缇萦服用的毒药毒性发作，缇萦的生命危在旦夕，刘宣飞奔向朝君求解药，但见朝君和莫娘两人 正在运功对抗，刘宣完全可以趁人之危讨好其中任何一人，但他没有，他的仁义之心打动了朝君，朝君终于将解药给了他，莫娘趁势逃脱，缇萦得救。
吕福被项云活捉，莫娘绑架了缇萦作为交换的人质。从缇萦口中得知，邢善在寻找莫娘，莫娘猜测邢善极有可能和淳于意在骊山为吕后研制长生不老的药方，心中燃起一线希望。人质交换成功，缇萦吕福各归其主，好心的缇萦劝莫娘不要轻信了小人吕福，莫娘不听，径直带着吕福前往骊山。
神医侠侣第40集剧情介绍(大结局)吕福十分可疑地半夜外出，莫娘一路跟踪。原来吕福是吕后安插在自己身边的奸细，过去的甜言蜜语百般讨好其真正目的只是为了获得长生不老药，诺言瞬间变成谎言，莫娘不再犹豫，一剑了结了吕福的性命，只身前往骊山。
淳于意的研究有了一些进展，他担心一旦长生药研制成功，吕后把邢善送上西天，决定趁早把邢善放出去，淳于意的诚意打动了邢善，邢善将写着长生药秘方最关键的一块龟骨交给了淳于，这块龟骨在邢善的脚踝骨里藏了上百年。
邢善正欲出牢，恰逢莫娘赶到，莫娘告诉师父朝君在巴蜀等他后，带着深深的忏悔，自刎在师父面前。刘湘率兵偷袭项氏部落，项军早有准备，打得刘湘落花流水，刘湘终于死在琴子的剑下，也算罪有应得。获得了关键的龟骨，淳于意的长生不老药终于研制成功，吕后服用之后，果然恢复了青春美貌，但从此却不能言语，不能动弹。
空有一个躯壳，抱憾终身。缇萦找到了父亲，终于承欢膝下;朝君和邢善久别重逢，终于圆了百年相思梦，缇萦刘宣、琴子项云、珠儿唐安从此幸福地生活在一起……原来，杀来杀去，找来找去，问来问去，人世间，真正长生不老的，是亘古不变的真情。
